1.A260/280比值较低？或者A260/280比值较高？
用水作为洗脱液比较偏低，或者蛋白质残留，但如果操作过程中使用了苯酚，则更可能是苯酚残留。而比较高可能是大量RNA残留，没有使用RNaseA，或RNaseA活性下降。A260 值提示的含量与电泳检测时提示的含量有可见的误差则为苯酚残留。
2.提取的细菌基因组DNA有降解，为什么？
确认选用的培养菌体是否新鲜，如果菌体需要保存时，请于-80℃保存。
起始菌液量过多，导致菌液裂解不充分，部分DNA降解。
菌体本身富含DNA酶活性，加入Digestion solution后再加20uL0.5M EDTA溶液来抑制内源性核酸酶
3.提取的基因组DNA生物活性差，为什么？
提取的基因组DNA中盐分浓度过高，请严格按照说明书操作。
提取的基因组DNA中含有乙醇。离心的速度和时间应该严格遵循说明书要求进行。
4.碱裂解法提取的质粒DNA进行琼脂糖电泳进行鉴定时，看到的三条带分别是什么？
碱法抽提得到质粒样品中不含线性DNA，得到的三条带是以电泳速度的快慢排序的，分别是超螺旋、开环和复制中间体（即没有复制完全的两个质粒连在了一起）。如果你不小心在溶液II加入后过度振荡，会有第四条带，这条带泳动得较慢，远离这三条带，是20-100kb的大肠杆菌基因组DNA的片断。
5. 为什么用酚与氯仿抽提DNA时，还要加少量的异戊醇？
在抽提DNA时，为了混合均匀，必须剧烈振荡容器数次，这时在混合液内易产生气泡，气泡会阻止相互间的充分作用。加入异戊醇能降低分子表面张力，所以能减少抽提过程中的泡沫产生。一般采用氯仿与异戊醇为24：1之比。也可采用酚、氯仿与异戊醇之比为25：24：1（不必先配制，可在临用前把一份酚加一份24：1的氯仿与异戊醇即成），同时异戊醇有助于分相，使离心后的上层水相，中层变性蛋白相以及下层有机溶剂相维持稳定。